A fundação da cidade de Balneário Camboriú ocorreu apenas em 1964, quando se emancipou de Camboriú passando a ter o mesmo nome, mas com o adjetivo "Balneário" incorporado no nome. Os primeiros habitantes da região naturalmente eram indígenas da tribo Tupi-Guaraní. A colonização começou a ocorrer com a chegada do açoriano Baltasar Pinto Corrêa. Alguns anos após à chegada do açoriano começaram a vir grupos de alemães em busca da terra fértil da região, sendo fundada a Vila do Bom Sucesso. Em 1848 passou a ser distrito da Cidade de Itajaí, chamado de Baírro da Barra com a construção da Igreja de Nossa Senhora do Bom Sucesso. Em 1884 foi desmembrado de Itajaí originando a Cidade de Camboriú.
O povamento da região teve início em 1758, quando algumas famílias procedentes de Porto Belo se estabeleceram no local denominado Nossa Senhora do Bonsucesso, mais tarde, denominado Barra. Atraídas pela fertilidade do solo e pelo clima, vieram outras famílias de origem alemã, procedentes do vale do Itajaí e Blumenau. Em 1836, chegou ao local Tomás Francisco Garcia com sua família e alguns escravos. Daí a antiga denominação de Garcia, pela qual o lugarejo era conhecido.
Em 1930, pela situação geográfica privilegiada, iniciou-se fase de ocupação da região preferida pelos banhistas, e, dois anos depois, foi construído o primeiro hotel, na confluência das avenidas central e atlântica.
Em 1964, o distrito obteve autonomia, passando a município com o topônimo de Balneário de Camboriú, alterado, em 1979, para Balneário Camboriú.
Há duas versões quanto à origem do topônimo Camboriú. Uma de origem popular, devido a uma acentuada curva no rio perto da foz, diz que, quando indagados por alguém à procura de uma pessoa, os moradores dali diziam: "camba o rio", vocábulo muito usado pelos pescadores da região. A segunda versão (e mais aceitável) é a do padre Raulino Reitz: mapas bem antigos assinalam o nome Rio Camboriú antes da haver povoamento de origem européia na área; o topônimo Camboriú vem do tupi, formado pela aglutinação das palavras: Cambori-u.
